Činnost Národní referenční laboratoře ÚKZÚZ je určena požadavky technických útvarů ÚKZÚZ a vyplývá z legislativy České republiky a Evropské unie. NRL zajišťuje analýzy pro kontrolu a ochranu potravinového řetězce před vstupy rizikových, nežádoucích a zakázaných látek a škodlivých organismů ve vazbě na komplexní zajištění nezávadnosti rostlinných komodit, zemědělských výrobků, potravin a zemědělských komodit. Údaje, které poskytuje Národní referenční laboratoř, jsou základním podkladem pro závažná rozhodnutí.
NRL provádí rozsáhlou škálu laboratorních činností na pracovištích dislokovaných po celé České republice. Jedná se o chemické, mikrobiologické, molekulárně-biologické, rheologické a další specifické zkoušky. NRL rovněž zabezpečuje testování kvalitativních parametrů osiva uváděného do oběhu a komplexní laboratorní diagnostiku škodlivých organismů rostlin. Pracovníci NRL a specialisté, kteří se soustavně vzdělávají, využívají k práci moderní laboratorní vybavení a metody.
NRL, pracoviště Oddělení mezilaboratorních zkoušek, má status akreditovaného poskytovatele programů zkoušení způsobilosti pro vlastní i externí laboratoře. Pořádá Mezilaboratorní porovnávací zkoušky (MPZ ÚKZÚZ) v oblasti chemických analýz půd, rostlinného materiálu, kalů, sedimentů, krmiv/potravin a hnojiv, které slouží k hodnocení kvality práce zúčastněných laboratoří a dále k posouzení způsobilosti laboratoří s vydaným Potvrzením o způsobilosti pro danou matrici vzorků.